《九阴真经》的故事背景取自明朝初年，这个时代是中国封建帝王势力的顶峰，有着高度集中的皇权和东厂、锦衣卫这些介乎于朝廷和江湖的各种势力。也是江湖武林从唐朝的雏形，到宋元的发展，至明朝形成前所未有的盛世。这个时代的中原政权稳定，使这个时期的江湖脱离了宋元时仅仅在于辅助军队作战的作用，形成了以武会友，崇尚个人武学的空前大发展，是一个最自由，最鼎盛的江湖。 时代起源于明朝洪武元年，明太祖朱元璋性格多疑，登基后正两兴大狱，诛杀功臣，为了巩固帝位，消灭随灭元而日渐强大的江湖势力而暗自布下众多锦衣卫隐入江湖，搜集天下武学以编撰号称武学总纲的《武定籍》，而这一宏伟的计划却在中途因太祖去世和明成祖朱棣的杀侄夺位而改变，而《九阴真经》等武学秘籍因此流落江湖，从而使这个时代的各类武学融会贯通并产生了武学的大革命，与此同时不仅是传统武学发生了演变而为之精进，还涌现出了以专克中原武学的西域武学，及逆修任督的燕门密宗等诸多势力，自此绚烂多彩的明朝武林展开序幕。